一般都是网站程序存在漏洞或者服务器存在漏洞而被攻击了
网站挂马是每个网站最头痛的问题，解决办法：1.在程序中很容易找到挂马的代码，直接删除，或则将你没有传服务器的源程序覆盖一次但反反复复被挂就得深入解决掉此问题了。但这不是最好的解决办法。最好的方法还是找专业做安全的来帮你解决掉
听朋友说 Sinesafe 不错 你可以去看看。
清马+修补漏洞=彻底解决
清马
1、找挂马的标签，比如有<script language="javascript" src="网马地址"></script>或<iframe width=420 height=330 frameborder=0
scrolling=auto src=网马地址></iframe>，或者是你用360或病杀毒软件拦截了网马网址。SQL数据库被挂马，一般是JS挂马。
2、找到了恶意代码后，接下来就是清马，如果是网页被挂马，可以用手动清，也可以用批量清，网页清马比较简单，这里就不详细讲，现在着重讲一下SQL数据库清马，用这一句语句“update 表名 set 字段名=replace(字段名,'aaa','')”， 解释一下这一句子的意思：把字段名里的内容包含aaa的替换成空，这样子就可以一个表一个表的批量删除网马。
在你的网站程序或数据库没有备份情况下，可以实行以上两步骤进行清马，如果你的网站程序有备份的话，直接覆盖原来的文件即可。
修补漏洞（修补网站漏洞也就是做一下网站安全。）
1、修改网站后台的用户名和密码及后台的默认路径。
2、更改数据库名,如果是ACCESS数据库，那文件的扩展名最好不要用mdb，改成ASP的，文件名也可以多几个特殊符号。
3、接着检查一下网站有没有注入漏洞或跨站漏洞，如果有的话就相当打上防注入或防跨站补丁。
4、检查一下网站的上传文件，常见了有欺骗上传漏洞，就对相应的代码进行过滤。
5、尽可能不要暴露网站的后台地址，以免被社会工程学猜解出管理用户和密码。
6、写入一些防挂马代码，让框架代码等挂马无效。
7、禁用FSO权限也是一种比较绝的方法。
8、修改网站部分文件夹的读写权限。
9、如果你是自己的服务器，那就不仅要对你的网站程序做一下安全了，而且要对你的服务器做一下安全也是很有必要了！